H λεγόμενη «βιολογική αποκατάσταση» (bioremediation) είναι μια σύγχρονη, πολλά υποσχόμενη και φιλική προς το περιβάλλον μέθοδος εξυγίανσης από τοξικά απόβλητα, η οποία τα τελευταία χρόνια αποτελεί αντικείμενο εκτεταμένων μελετών μικροοργανισμών οι οποίοι «τρέφονται» με τις τοξικές ουσίες που έχουν προκαλέσει τη ρύπανση, με αποτέλεσμα να τις μεταβολίζουν και να τις διασπούν σε αβλαβή για το περιβάλλον συστατικά. Έχει χρησιμοποιηθεί με επιτυχία για τον καθαρισμό μολυσμένων με τοξικά απόβλητα εδαφών, ακτών και της επιφάνειας υδάτων, ιδιαίτερα σε ποταμούς.
Σε έρευνα που έκαναν Βρετανοί, Κινέζοι και Ρώσοι ερευνητές στο περιοδικό Microbiome, συνέλεξαν δείγματα από τους μικροβιακούς πληθυσμούς στην μήκους 2.500 χιλιομέτρων Τάφρο των Μαριανών, μεταξύ άλλων, ανακαλύφθηκαν σε μεγάλες ποσότητες μικροοργανισμών που διασπούν τους υδρογονάνθρακες. O δρ. Τζόναθαν Τοντ της Σχολής Βιολογικών Επιστημών του Πανεπιστημίου της Ανατολικής Αγγλίας δήλωσε:
«Οι μικροοργανισμοί που βρήκαμε, ουσιαστικά τρώνε ουσίες παρόμοιες με το πετρέλαιο και μετά το χρησιμοποιούν για καύσιμο. Παρόμοιοι μικροοργανισμοί παίζουν ρόλο στη διάσπαση των πετρελαιοκηλίδων σε περιπτώσεις καταστροφών, όπως της ΒΡ στον Κόλπο του Μεξικού το 2010. Τέτοιου είδους βακτήρια είναι πραγματικά άφθονα στο βυθό της Τάφρου των Μαριανών».
Η ανάλυση δειγμάτων νερού σε διαδοχικά βάθη της Τάφρου έδειξε ότι υπάρχουν υδρογονάνθρακες σε βάθος έως 6.000 μέτρων, ίσως και μεγαλύτερο, εξαιτίας της ρύπανσης των ωκεανών.
Σε άλλη περίπτωση, στον βυθό του Ατλαντικού Ωκεανού, στα ανοιχτά των ακτών της Γαλικίας με την εφαρμογή αυτής της μεθόδου βιολογικής αποκατάστασης, εκατοντάδες δισεκατομμύρια βακτήρια υπολογίζεται ότι διασπούν το μαζούτ που είναι κολλημένο στα τοιχώματα των δεξαμενών του «Prestige». Η πετρελαϊκή εταιρεία Repsol, η οποία έχει αναλάβει το έργο της απορρύπανσης, κατόρθωσε να περισυλλέξει το μεγαλύτερο μέρος του πετρελαίου που εξακολουθούσε να είναι κλεισμένο στις δεξαμενές του ναυαγίου. Αναλύοντας δείγματα νερού από το σημείο του ναυαγίου, οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι οι απαραίτητοι για τη βιολογική αποκατάσταση μικροοργανισμοί ζούσαν ήδη εκεί. Έτσι αποφάσισαν να χρησιμοποιήσουν την οικολογικά πιο ισορροπημένη μέθοδο της «ενίσχυσής» τους με ειδικά θρεπτικά συστατικά, τα οποία αυξάνουν τον ρυθμό πολλαπλασιασμού και εντείνουν και επιταχύνουν τη δράση τους. «Δεν γνωρίζαμε αν υπήρχε έντονη μικροβιακή δραστηριότητα στα 4.000 μέτρα βάθος» λέει στην εφημερίδα «El Pais» η Κονσεπσιόν Κάλβο, μικροβιολόγος του Ινστιτούτου Ύδατος του Πανεπιστημίου της Γρανάδας. «Τα βακτήρια όμως υπάρχουν τελικά παντού, ακόμη και σε πολύ πιο εχθρικά οικοσυστήματα. Διαπιστώσαμε ότι δίπλα στο «Prestige» υπήρχαν μικροοργανισμοί ικανοί να αποδομήσουν το πετρέλαιο και ότι μπορούσαμε να τους ενισχύσουμε ώστε να αναπτυχθούν περισσότερο».
Αναλόγως, ερευνητές του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, έχουν συγκεντρώσει στη μικροβιακή συλλογή του εργαστηρίου τους (ATHUBA) βακτήρια εκ των οποίων κάποια αποικοδομούν το πετρέλαιο ενώ άλλα το συσσωρεύουν. Τα βακτήρια αυτά, τρεφόμενα από το πετρέλαιο θα μπορούσαν να εξυγιάνουν το θαλάσσιο οικοσύστημα ή να διευκολύνουν τη συλλογή του πετρελαίου, μετά τη ρύπανση που προκλήθηκε από τη βύθιση του δεξαμενόπλοιου «Αγία Ζώνη ΙΙ». Οι μικροβιακοί αυτοί πληθυσμοί έχουν απομονωθεί από το ηφαίστειο της Σαντορίνης, την παραλία στον Ασπρόπυργο και τη λίμνη Κουμουνδούρου, και σύμφωνα με επιστήμονες του ΕΚΠΑ αποτελούν μία φυσική λύση για την απομάκρυνση των υδρογονανθράκων από τη θάλασσα και τις παραλίες, που έχουν υποστεί τη μόλυνση. Πιο συγκεκριμένα, η ερευνητική ομάδα του ΕΚΠΑ ερευνά τη βιοαποικοδόμηση του πετρελαίου με χρήση ενδογενών βακτηρίων απομονωμένων από ελληνικά ακραία περιβάλλοντα, όπως το ηφαίστειο της Σαντορίνης, περιοχές απόθεσης πετρελαϊκών αποβλήτων, θαλάσσιες ακτές που συνορεύουν με διυλιστήρια κ.α.. Ερωτηθείς εάν τα συγκεκριμένα «πετρελαιοφάγα» βακτήρια θα μπορούσαν να επιβαρύνουν το θαλάσσιο οικοσύστημα, ο κ. Σαββίδης ως Υπεύθυνος Ποιότητας και αναλυτής στο Εργαστήριο Μικροβιολογίας του Τομέα Βοτανικής του ΕΚΠΑ διαβεβαιώνει πως «δεν υπάρχει κίνδυνος από τη χρήση τους, καθώς είναι βακτήρια μη παθογόνα του φυσικού περιβάλλοντος».
Μια ακόμα περίπτωση φυσικής αποικοδόμησης αφορά στη νυχτοπεταλούδα του είδους Plodia interpunctella. Ερευνητές εξέτασαν τα μικρόβια του εντέρου τους και βρήκαν τουλάχιστον δύο είδη βακτηρίων, τα Enterobacter asburiae και Bacillus sp. YP1 που αποικοδομούν το πολυαιθυλένιο, ένα από τα πλέον ευρέως χρησιμοποιούμενα πολυμερή με την παραγωγή να φτάνει τα 140 εκατομμύρια τόνους το χρόνο σκοτώνοντας θαλάσσια είδη.
