Ο στρατός των Τούρκων αποτελούνταν από 15.000 τακτικό στρατό και είχε στην διάθεση του 30 κανόνια. Υπό τον Μουσταφά Ναϊλή, ξεκινάει εκστρατεία εναντίον της Μονής. Ζήτησε μάλιστα από τον ηγούμενο Γαβριήλ να παραδοθεί, με την απάντηση να είναι και πάλι αρνητική.
Μέσα το μοναστήρι ζούσαν 964 άνθρωποι, εκ των οποίων οι 325 ήταν άνδρες. Οι υπόλοιποι ηταν γυναικόπαιδα.
Στις 8 του Νοέμβρη ξεκινάει η επίθεση. Πολλοί άνδρες διακρίθηκαν στις μάχες. Την δεύτερη μέρα όμως, η εξωτερική γραμμή της άμυνας διασπάστηκε. Ο ηγούμενος Γαβριήλ σκοτώθηκε και οι Τούρκοι κατάφεραν να εισέλθουν στον περίβολο της Μονής.
Ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης μαζί με άλλους πολεμιστές κα γυναικόδεμα, όντας εξαντλημένοι και ξέροντας πως τους περιμένει η αιχμαλωσία και όλα τα παρελκόμενα, κλείνονται στην πυριτιδαποθήκη. Πυροδότησαν τα βαρέλια με το μπαρούτι, προκαλώντας την καταστροφή της μονής αλλά και τον θάνατο πολλών Ελλήνων και πολλών Τούρκων εισβολέων. Λέγεται ότι ο κρότος ακούστηκε μέχρι το Ηράκλειο.
Ο Ι. Δημακόπουλος συνέχισε να μάχεται κατά των Τούρκων μετά την ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης, τον περίβολο της μονής. Στις 9 Νοεμβρίου αποφάσισε να παραδοθεί στους Τούρκους . Είχε λάβει εγγυήσεις για την ζωή των τελευταίων υπερασπιστών. Ωστόσο, την επόμενη ημέρα εκτελέστηκε με αποκεφαλισμό αυτός και οι περισσότεροι αιχμάλωτοι.
Η θυσία του έγινε στην Μονή Αρκαδίου ύψωσε το αίτημα της κρητικής ελευθερίας.
Προκάλεσε σοκ στην Ευρώπη και ξεσήκωσε τα φιλελληνικά αισθήματα. Μετά από αυτό το γεγονός άλλαξε η νοοτροπία καθώς και η τακτική των ευρωπαϊκών κρατών απέναντι στο Κρητικό Ζήτημα.
Μετά την καταστροφή του, το μονατήρι του Αρκαδίου ανοικοδομήθηκε πλήρως. Αναστηλώθηκε στην πρότερη του μορφή. Ένα μισοκαμένο τέμπλο στην Αγία Τράπεζα και μια μπάλα κανονιού η οποία μένει σφηνωμένη στο αιωνόβιο κυπαρίσσι μαρτυρούν την αιματηρή θυσία που έγινε πριν από 150 χρόνια.
Από όλες τις θυσίες που πρόσφερε η Κρήτη μεσουρανεί το Αρκάδι. Η μονή Αρκαδίου ύψωσε το αίτημα της κρητικής ελευθερίας και ξεσήκωσε τα φιλελληνικά αισθήματα της Ευρώπης, αλλάζοντας τη νοοτροπία και την τακτική των ευρωπαϊκών δυνάμεων απέναντι στο Κρητικό ζήτημα.
Η UNESCO έχει χαρακτηρίσει το Αρκάδι Ευρωπαϊκό Μνημείο Ελευθερίας.
