Δριμεία επίθεση κατά του πρώην Υπουργού Παιδείας, κυρίου Νίκου Φίλη, εξαπέλυσαν γονείς καθώς και η Πανελληνία Ένωση Θεολόγων με αφορμή τις πρόσφατες μεταρρυθμίσεις που πραγματοποίησε ο πρώην Υπουργός στο μάθημα των Θρησκευτικών. Οι διαμαρτυρόμενοι κατέφυγαν στο Συμβούλιο της Επικρατείας ζητώντας την εξέταση της συνταγματικότητας των παραπάνω νόμων και εν συνεχεία την αναθεώρησή τους. Οι αλλαγές τις οποίες πραγματοποίησε ο κ.Φίλης αφορούσαν τόσο το περιεχόμενο του μαθήματος, καθώς στα σχετικά εγχειρίδια δε διδάσκεται πλέον μόνο η ορθοδοξία αλλά και τα υπόλοιπα δόγματα του χριστιανισμού, ενώ παράλληλα φιλοξενούνται εντός του βιβλίου και αλλές θρησκείες και θρησκευτικές παραδόσεις. Χαρακτηριστικά ο κ.Γιαγκάζογλου είχε δηλώσει ότι «το καινούριο αυτό μάθημα υπερβαίνει την κατήχηση και την ομολογιακή ταυτολογία καθώς τα μέχρι σήμερα βιβλία Θρησκευτικών σε Γ’ και Δ’ δημοτικού έχουν έναν κατηχητικό τόνο».
Οι αλλαγές του μαθήματος εφάπτονταν και στον τρόπο διδασκαλίας των Θρησκευτικών καθώς όπως ισχυρίζονται οι ιθύνοντες «γίνεται εισαγωγή και εφαρμογή νέων τεχνικών μάθησης ώστε η τάξη να είναι κοινότητα μάθησης και όχι απλώς διδασκαλία μετωπική και από καθ’ έδρας». Οι προσφυγέντες στο Συμβούλιο της Επικρατείας, από την άλλη μεριά, ισχυρίζονται ότι οι αλλαγές αυτές προσκρούουν και παραβιάζουν την Σύμβαση Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων της Ρώμης καθώς και παλαιότερες αποφάσεις του ΣτΕ που υποδυκνείουν ότι μεταξύ των σκοπών της παροχής δημόσιας παιδείας είναι και η ανάπτυξη θρησκευτικής συνειδήσεως των Ελλήνων μαθητών, με βάση τις επιταγές του ορθόδοξου δόγματος, σε ικανοποιητικό βαθμό.
Διαμαρτυρήθηκαν ακόμη για την αναστάτωση που έχει προκληθεί στους μαθητές λέγοντας πως «με το νέο πρόγραμμα σπουδών, το μάθημα των θρησκευτικών μετετράπη σε ιδιότυπη θρησκειολογία, στην οποία αναμειγνύονται η Ορθόδοξη Πίστη με τα υπόλοιπα δόγματα και θρησκεύματα, δημιουργώντας σύγχυση στους μαθητές, οι οποίοι λόγω του νεαρού της ηλικίας τους, κατά κανόνα αγνοούν και τα βασικότερα σημεία της πίστης στην οποία ανήκουν, ως βαπτισμένοι». Τόσο οι γονείς όσο και η Πανελλήνια Ένωση Θεολόγων κατήγγειλαν και την παραβίαση των άρθρων 4,13 και 16 του Συντάγματος που προστατεύουν την θρησκευτική συνείδηση των ατόμων και αποτρέπουν την αλλοίωση αυτής καθώς και του νόμου 1566/1985 που προβλέπει ότι η ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης είναι απαραβίαστη.
