Παρόλο που το ανοσοποιητικό σύστημα εξασφαλίζει την προστασία του ξενιστή από την μόλυνση και τον καρκίνο, ακατάλληλες αποκρίσεις του συστήματος μπορούν να οδηγήσουν σε ασθένεια. Συχνά ανάμεσα στις δυσλειτουργίες του ανοσοποιητικού συστήματος είναι οι αλλεργίες και το άσθμα. Που από κοινού, αποτελούν κρίσιμα προβλήματα της δημόσιας υγείας.
Σε απλές γραμμές, οι αλλεργικές αντιδράσεις είναι αποκρίσεις σε αντιγονικά ερεθίσματα. Οι οποίες βασίζονται κυρίως στην τάξη Ε των ανοσοσφαιρινών. Έκθεση σε ένα αντιγόνο (ή αλλεργιογόνο) πυροδοτεί την απελευθέρωση μορίων με τη μεσολάβηση της IgE. Προκαλώντας συμπτώματα τα οποία ποικίλλουν από φτερνίσματα και δερματίτιδα μέχρι φλεγμονή των πνευμόνων σε μια ασθματική κρίση.
Η ενόχληση από κοινές αλλεργίες όπως π.χ. η γύρη των φυτών (συχνά αποκαλούμενη αλλεργία των αγριόχορτων) είναι σύντομη και περιλαμβάνει φτερνίσματα και συνάχι διαρκείας 1 ή 2 εβδομάδων. Μπορεί να φαίνονται ασήμαντα συγκρινόμενα με προβλήματα υγείας όπως π.χ. τον καρκίνο, την καρδιακή προσβολή ή θανατηφόρες μολύνσεις. Μια πιο σοβαρή αλλεργική αντίδραση είναι το άσθμα. Μια χρόνια πάθηση των πνευμόνων, στην οποία η φλεγμονή που προκαλείται από περιβαλλοντικά αντιγόνα ή μολύνσεις, προκαλεί έντονη δυσκολία στην αναπνοή.
Η σημασία της αλλεργίας ως πρόβλημα της δημόσιας υγείας είναι αρκετά μεγάλη. Αποδεικνύεται και από το γεγονός ότι ο ετήσιος αριθμός ιατρικών επισκέψεων για την υπέρταση, συνηθισμένες ιατρικές εξετάσεις ή τη φυσιολογική εγκυμοσύνη είναι για κάθε περίπτωση πολύ μικρότερος από τον αριθμό των επισκέψεων για αλλεργικές καταστάσεις. Στην πράξη, η πιο κοινή αιτία για μια επίσκεψη σε ένα νοσοκομείο είναι μια κρίση άσθματος. Η οποία αποτελεί το ένα τρίτο του συνόλου των επισκέψεων. Παρόλο που όλες οι ηλικίες και όλες οι φυλές επηρεάζονται, οι θάνατοι από άσθμα είναι 3,5 φορές πιο συχνοί ανάμεσα στα παιδιά Αφρικανών και Αμερικανών.
Ένα αυξανόμενης σοβαρότητας πρόβλημα υγείας είναι η τροφική αλλεργία. Ιδιαίτερα σε ξηρούς καρπούς αμύγδαλα και καρύδια. Η αποφυγή των τροφών αυτών μπορεί να παρεμποδίσει τις σοβαρές συνέπειες. Αν και η ευρέως διαδεδομένη χρήση της πρωτεΐνης των καρπών σε ποικιλία τροφών τις καθιστά επικίνδυνες για τα αλλεργικά άτομα. Η αναφυλαξία, γενικά, συμβαίνει μέσα σε μια ώρα από την πρόσληψη της αλλεργιογόνου τροφής. Η πιο αποτελεσματική αντιμετώπιση είναι η χορήγηση αδρεναλίνης.
Εκτός από την ταλαιπωρία και την ανησυχία που προκαλείται από αυτές τις μη αναμενόμενες ανοσολογικές αποκρίσεις ή τις αλλεργίες σε περιβαλλοντικά αντιγόνα, υπάρχει ένα τεράστιο κόστος που αφορά στην απώλεια ωρών εργασίας και τους νοσηλευτές. Τα κόστη αυτά δικαιολογούν τις έντονες προσπάθειες των ερευνητών και κλινικών ανοσολόγων και αλλεργιολόγων να ανακουφίσουν τους ασθενείς από την ταλαιπωρία που προκαλείται από αυτές τις ασθένειες.
